宅基地上建厂房的处理可能受以下特殊情况影响：
1. 历史遗留问题：若厂房建设时间较早（如2008年《城乡规划法》实施前），且已长期存在并用于生产经营，部分地区可能将其视为历史遗留建筑，允许通过补办手续或缴纳罚款的方式合法化，而非直接拆除。
2. 地方特殊政策：部分地区为支持农村产业发展，出台了宅基地用于小型加工、电商仓储等产业的试点政策，允许在符合条件的情况下简化审批流程。例如，某县规定宅基地上建设面积不超过200平方米的农产品加工厂房，可直接向乡镇政府备案，无需办理复杂的土地用途变更手续。
3. 公益用途例外：若厂房用于村集体公益事业（如村办养老服务设施、公共仓储等），经村集体讨论通过并报乡镇政府批准后，可能不受普通宅基地建设限制，管理部门会优先考虑公益属性进行处理。
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针对宅基地上建厂房的管理部门，我们可以通过具体法律依据来明确其适用规则。
根据《中华人民共和国土地管理法》（2019年修正）第七十七条，未经批准非法占用土地建厂房的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还土地、限期拆除或没收建筑物并处罚款。《中华人民共和国城乡规划法》（2019年修正）第六十四条规定，未取得建设工程规划许可证建厂房的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设、限期改正或拆除。若涉及环评问题，《中华人民共和国环境影响评价法》（2018年修正）第三条要求建设项目需进行环评，由环保部门监管。因此，合法建设的管理部门为自然资源、城乡规划及环保部门；违规建设的查处部门为自然资源和城乡规划部门。
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关于宅基地上建厂房的管理部门，需根据是否取得合法审批来判断。以下为不同情况的详细说明：
宅基地上建厂房的管理部门主要取决于建设行为是否合法合规。
1. 若建设行为已取得合法审批（如土地用途变更审批、建设工程规划许可证等）：日常监管由自然资源部门（原国土资源部门）和城乡规划部门负责，环保部门负责环评相关管理。
2. 若建设行为未取得合法审批（属于违规建设）：查处主体为县级以上人民政府自然资源主管部门（负责土地违规）和城乡规划主管部门（负责规划违规）。
3. 若涉及环境影响问题（如生产产生污染）：环保部门可依据《环境影响评价法》进行监管和处罚。
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宅基地上建厂房过程中，以下常见错误操作可能导致法律风险：
1. 未审批直接建设：部分人认为宅基地是自有土地，无需审批即可建厂房，这会违反《土地管理法》和《城乡规划法》，面临拆除、罚款等处罚。
2. 忽视环评要求：若厂房涉及生产加工，未按规定进行环评并取得批复就开工，可能被环保部门责令停工，并处以罚款。
3. 隐瞒违规事实：发现违规后，试图通过隐瞒、伪造文件等方式逃避监管，会加重处罚力度，甚至可能承担刑事责任。
若您已出现上述错误操作或不确定自身行为是否合规，建议及时向专业律师咨询，避免风险扩大。

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