企业自建房过户时土地增值税的计算需结合具体交易情况确定。以下分不同情形详细说明：
1. 若企业自建房过户时转让的是国有土地使用权及地上建筑物且取得收入，需按四级超率累进税率计算土地增值税，公式为：应纳税额=增值额×税率-扣除项目金额×速算扣除系数，其中增值额=转让收入-扣除项目金额（含取得土地使用权所支付的金额、建房成本、相关税费等）。
2. 若企业自建房过户属于非国有土地使用权转让（如集体土地），因土地增值税针对国有土地，此时无需缴纳土地增值税。
3. 若企业自建房过户未取得转让收入（如无偿划转），根据税法规定，无收入则无增值额，暂不缴纳土地增值税。
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针对企业自建房过户时土地增值税的计算，可依据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》的相关规定进行分析：
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条明确规定：“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。”企业自建房过户属于转让房地产的行为，若涉及国有土地使用权且取得转让收入，企业作为纳税义务人需缴纳土地增值税。同时，该条例规定土地增值税实行四级超率累进税率，增值额未超过扣除项目金额50%的部分，税率为30%；超过50%未超过100%的部分，税率为40%；超过100%未超过200%的部分，税率为50%；超过200%的部分，税率为60%。因此企业自建房过户时，需先确定转让收入与扣除项目金额，计算增值额及增值率，再适用对应税率计算应纳税额。
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企业自建房过户时，以下特殊情况会影响土地增值税的处理：
1. 自建房为继承或赠与所得：若企业自建房是通过继承或赠与方式取得，过户时若未取得转让收入，根据税法规定，暂不缴纳土地增值税；但如果继承或赠与后再转让，需以转让收入减去原取得成本及相关税费计算增值额缴纳税款。
2. 地方政府有特殊实施细则：部分地区对企业自建房过户的土地增值税有特殊规定，例如对小微企业或特定行业的自建房转让给予税率优惠或扣除项目调整，这会直接影响土地增值税的计算结果，企业需结合当地政策进行税务处理。
3. 自建房涉及拆迁安置：若企业自建房过户与拆迁安置相关，可能存在拆迁补偿款抵减转让收入的情况，此时需根据当地拆迁政策确定扣除项目，影响土地增值税的最终缴纳金额。
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企业自建房过户时，可能面临以下法律风险：
1. 税款计算错误风险：例如企业未准确区分扣除项目，将与建房无关的费用计入扣除金额，导致增值额计算偏低，少缴土地增值税。税务机关检查时发现后，企业需补缴税款及滞纳金，情节严重的还可能被处以罚款。
2. 未及时申报纳税风险：企业自建房过户后未在规定期限内申报土地增值税，税务机关将责令限期申报，逾期仍未申报的，可能被处以罚款，同时产生滞纳金，增加企业经济负担。

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